Il suo nome deriva, secondo l'interpretazione più seguita, dalla Dea Vacuna, divinità Sabina il cui culto era collegato ai boschi, alle acque, al naturalismo silvestre. Sul suo territorio numerosi sono i resti di età romana, tra i quali spicca la struttura della villa del grande Poeta latino Quinto Orazio Flacco. La presenza della vicina Fonte di Bandusia (Fons Bandusiae), il Pago (Pagus) e la nitida vista del monte Soratte, fanno riconoscere in questi luoghi il fundus donato da Mecenate al Poeta nel 33 a.C.. Le prime notizie del castello di Vacone risalgano al 1027 quando fu incamerato nei beni dell’Abbazia di Farfa. Il castello cadde agli inizi del XIII secolo in mano alla famiglia romana Ogdolina ma la popolazione reagì violentemente all'imposizione del dominio signorile tanto da spingere Papa Gregorio IX a riacquistare i diritti del castello, in modo da restituire pace e quiete non solo al borgo, ma all'intera Sabina. Il castello venne acquisito poi dagli Orsini nel 1364 e successivamente visse un serie di passaggi di proprietà fino ad arrivare al nobile reatino Antonio Clarelli. Il 18 novembre del 1816 il marchese Antonio Clarelli rinunciò ai suoi diritti feudali su Vacone che divenne appodiato di Torri tornando Comune autonomo nel 1827.